Na samym początku historii przedstawiane są nam zdarzenia, które miały miejsce dwanaście lat wcześniej przed głównym nurtem fabuły. Jest to moment kiedy lisi demon o dziewięciu ogonach atakuje wioskę ukrytego liścia inaczej zwaną także Konoha. Atak spowodował śmierć ogromnej liczby osób oraz prawie totalne zniszczenie miasta, opanować sytuację udało się Hokage, czyli przywódcy wioski, który pokonał Lisiego Demona poświęcając między innymi swoje życie oraz oddając swą duszę Bogu śmierci. Dzięki temu istniała możliwość zapieczętowania demona wewnątrz noworodka, który był jednocześnie synem Czwartego Hokage. Noworodek ten to Uzumaki Naruto, tytułowy bohater całej opowieści. Kolejny Hokage ustalił zasadę, że opowiadanie o tym zdarzeniu jest zabronione. Ludzie stosowali się do niej, jednak Naruto z powodu piętna, które nosił żył w samotności, bez przyjaciół oraz rodziny. Przez cały czas szuka uznania oraz uwagi innych poprzez metodę, która wychodziła mu najlepiej, a mianowicie robienie ludziom dowcipów. Anime cały czas utrzymuje się na płaszczyźnie dramatu oraz komedii, w połączeniu z wielowątkowością oraz wartką akcją tworzy to naprawdę ciekawy efekt. Przez całą serię śledzimy rozwój oraz dojrzewanie Naruto jak i jego umiejętności oraz także rozwój towarzyszy bohatera, którzy razem z nim stają w obronie wioski i realizują przydzielane im misje. Naruto we wszystkich swoich dążeniach chce przede wszystkim udowodnić, że jest postacią, której nie można ignorować oraz osiągnąć poziom, dzięki któremu zostanie wybrany kolejnym Hokage.